深圳海运协会的前身为深圳航海学会。深圳海运协会是由深圳市各航运公司、船舶检验、港务、船检、船代、引航、船舶修造、船舶供应、船舶买卖、航道、海事法院、保险、院校等有关企事业单位和海运工作者自愿组成的行业民间组织，为非营利自律性社会团体，属市级行业协会，由深圳市交通局主管，深圳市民间组织管理局的业务指导和监督管理，挂靠深圳远洋运输股份有限公司。协会会员大会每届三年，理事会为其执行机构，下设办公室和秘书处。协会业务范围：行业协调、咨询服务、学术交流、专业培训。
一、组织建设
为发挥深圳地域优势，便于加强与港澳台航运业的联系与交流，经批准，深圳航海学会于1990年10月16日成立。首届理事长为陈大强同志，副理事长兼秘书长为王光照同志。成立之日，中国航海学会、深圳市运输局等上级主管部门高度重视，中国航海学会彭德清理事长发来贺电，并派常务理事、秘书长王志远同志到会祝贺；深圳市运输局孙祯局长在百忙之中亲自到会并讲话。毗邻深圳的香港航运界联谊会主席郭洪勋先生、香港海运学会副主席董贵尧先生均出席会议并致贺词。深圳航海学会理事长及秘书长连任两届（一届3年），当时人员稳定、业务关系顺畅，组织的活动比较丰富。这一段工作成绩明显，影响巨大；但是，学会试办三产，成立京深航海开发公司的失败教训值得铭记。
上世纪九十年代中期，为适应深圳二次创业的需要，加强行业协调工作，经上级批准，深圳航海学会于1996年3月28日更名为深圳海运协会。首届会长为戴淇泉同志，副会长兼秘书长为阎志祯同志。积极组建了5个专业委员会并开展了有关工作，这5个专业委员会是：海上客运、油气运输、航运政策法规、船舶安全管理、散货运输专业委员会。这届理事会还重视发挥常务理事的积极作用，做到了每季度召开一次常务理事会，互通信息，研究工作，协调问题。坚持每年举行一次辞旧迎新会员联谊会。1997年5月在深圳市科协第四次代表大会上，被评为深圳市科协先进集体，戴淇泉会长、王容敬副会长当选为市第四届科协委员。
深圳海运协会二届理事会是2000年产生的，会长为杜宝明同志，副会长兼秘书长为丁浩宇同志，后因工作调动于2002年，根据该司推荐并经协会常务理事会议通过后变更为陈林龙同志。
第三届理事会是2005年产生的，会长为许遵武同志，副会长兼秘书长为许林国同志。2007年，许遵武同志因工作调动，根据该司推荐并经协会副会长工作会通过后变更为李振宇同志。
二、学术研讨
深圳航海学会活动期间，根据市政府经济发展战略目标和航运业的实际情况，组织召开《深圳市航运发展学术研讨会》和航运政策研究，开展《海商法》的实施贯彻会；组织参加“国际集装箱多式联运”培训班；组织会员单位赴美国和欧洲主要港口进行航运考察交流活动；还与港口协会联合举办了《九十年代深圳港航业发展与对策》研讨会，特邀香港航运界老前辈、知名人士程余斋先生到会讲话，反映良好。我会重视加强与香港航运界的联系与交流，每逢国庆、元旦，香港航运界都邀请我会派代表参加联谊会，我会也利用深圳港航业崛起的优势，热情接待香港航运界专程来深考察盐田港和蛇口港区；还举办了中港海运学术研讨会和“珠江三角洲港口群与香港经济发展关系研讨会”。
深圳海运协会第一届理事会活动期间，协助政府部门参与海运“九五”规划工作；开展行业调研，参与深港交通衔接、安全质量管理及海上客运等专题调研；围绕97香港回归，组织召开《深圳航运发展研讨会》，主题为建立港深国际航运中心的探讨；积极组织参加在香港举行的“97回归后如何保持香港国际航运中心地位”的学术研讨会；参加“97亚太地区海运学术交流会”；协助深圳市交通局组织参加“面向21世纪国际航运发展研讨会”；1999年7月，我会围绕可持续发展战略目标，组织召开了“迎接21世纪，深圳航运发展报告会”。
第二届理事会活动期间，在我国加入WTO周年之际，深圳海运协会与香港海运学会、台湾航运学会共同举办了首届“2002两岸三地航运物流研讨会”，会议得到了深圳市交通局、广东省台办和深圳市台办的大力支持，通过交流和探讨，增进了友谊和合作，对促进两岸航运业的发展起到了推动作用，最后三方达成了共识，将于每年在三地轮流举办类似的研讨会。继首届研讨会倡议之后，2003香港、2004台湾研讨会也都成功召开了。2000年5月，深圳海运协会在深圳市运输局的大力支持下，联合召开了“加入WTO对深圳航运业的影响及对策研讨会”，航运、港口及其服务企业近200人参加了会议。会上，交通部水运司张国发处长专题介绍了“中国海运服务与WTO”，还有7名专家、学者到会演讲有关专题，会议开得非常成功，普遍反映良好。组织专家进行运输合同讲座、船舶保险与理赔、面向21世纪航运发展研讨会、《国际海运条例》宣贯会、港口法宣贯会等；参加了中国航海学会召开的全国性航运学术研讨会，并推荐了学术论文参加演讲与交流，特别是2004年报送的两篇论文，分别获得中国航海学会颁发的鼓励奖和三等奖。
第三届理事会活动期间，成功举办了2005深圳、2006香港、2007台湾“两岸三地学术研讨会”；组织会员单位赴香港海事处、青岛船员学院、上海洋山港进行考察与学习；2005年，特邀了香港著名海商法专家杨良宜先生对“海商法与仲裁业务研讨会”进行授课，反映热烈，得到了会员单位的肯定，取得了实质性的效果；期间还与招商局蛇口工业区培训中心共同举办了〈海商法〉热点法律问题专题讲座。作为协办单位参与了由《深圳特区报》和综合开发研究院（中国深圳）共同主办的深圳物流与供应链管理创新论坛。
三、咨询认证
2003年受“非典”的侵袭，对深圳水运客运企业影响较大，协会会同政府和有关企业召开了防“非典”工作座谈会，为企业减税起到了促进作用。根据有关文件精神，向有关部门反映并报送国内航运业费收方面存在的问题，收集整理各方面的资料，为政府主管部门制定政策提供了依据。配合深圳市政府出台关于扶持深圳港航业及相关产业发展的意见和相关配套政策措施的起草工作。
为贯彻实施交通部2001年第1号“国内船舶运输经营资质管理规定”的精神，受交通局的委托，成立了以杜宝明会长为组长的、由有关技术专家参加的“国内水运企业资质评估委员会”（简称评委会），对客船、液化气船、油船、普通货船运输的31家企业进行了资质认定；配合深圳市交通局评选100家物流和货运诚信企业，协会成立了水运（含船代）诚信企业评选领导小组，负责对船公司及船代公司进行货运诚信企业初评工作，期间共收到14家企业提供的申报材料，最后，经市交通局有关部门复评，共有11家企业受到了深圳市交通局的表彰奖励。按照三届理事会的工作思路和计划，继续开展了国内水路运输企业的经营资质评定工作，并对评委会人员方面进行了调整，期间共对25家从事水路运输企业进行了资质认定。
四、技术服务
为了保障船舶航行安全，保证磁罗经使用的可靠性，方便深圳地区的船公司就近及时校差，同时为了通过技术服务，扩大协会财源，在多方努力下，于2002年5月成立了中国航海学会磁罗经技术服务部深圳分部，最初聘请了2名外地有经验的罗经师开展工作，后来又组织深圳地区的人员进行培训和考试。目前，有2名（兼职）并持有有效证书的校正员从事磁罗经校正业务。
五、服务会员
在一个时期，坚持每星期编辑出版了《深圳海运信息》共80多期。后来，
由于互联网的发展和信息不稳定的原因，没有继续办下去。编辑出版《深圳航海》杂志和有关专集。
2005年至2007年，每年举办的《深圳物流十件大事、十大年度风云人物和十大创新物流企业》的评选活动，协会都作为协办单位之一，并做了大量、细致的工作，收集整理相关企业报送的材料，上报给专家评审组，每年至少都有一家单位都被评为十大创新企业。
为庆祝首届航海日，特邀郑和研究专家马明达教授进行了讲座及知识答卷。同时，还征订了郑和下西洋宣传册免费发给各会员学习。
与有关协会协办举办了“万港杯羽毛球”比赛；还参加了“首届深圳行业协会体育运动会”网球比赛项目，协会以“海运队”为名获得了亚军；定期走访各会员单位，了解情况；多次召开航道养护费座谈会；为树立协会形象，扩大影响，广泛宣传各会员企业，协会制作了宣传画册，并在“两岸三地航运物流研讨会”、“物博会”及对外交流进行了发放，广泛向境内外嘉宾及业界人士宣传了深圳航运、港口及物流企业，对今后企业之间的业务往来提供了信息平台，促进了深圳航运业的进一步发展。积极向新的航运企业及相关企业，介绍深圳海运协会的基本情况和宗旨，邀请他们加入协会。根据2006年下半年工作计划，协会定于每月编辑出版《协会简讯》，目前共出版了21期简讯；每年3月份都组织召开一次理事会和春茗联谊会，邀请市政府、市主管部门、航运企业、兄弟单位等领导参加，规模约300人。
协会每年都被评为深圳市交通系统先进单位，曾被深圳市民政局授予“2001—2002优秀社会团体”的光荣称号，连续两年被深圳市交通局评为“深圳市交通系统先进单位”。