在中国航海学会的指导下，2003年4月，泉州市航海学会由中泉（集团）公司、泉州海事局、泉州海外交通史博物馆等单位发起，经泉州市科协批准成立，会址设于泉州市温陵路中泉大厦。泉州市航海学会共有6名高级顾问、5名名誉理事长、9名理事，6个会员单位、273名个人会员，3名专职工作人员。
一、学会理事会
理事长：吕旭初
理事：吕旭初 孙雷锭 王连茂 李志强 杨志强 翁国泉 朱吾星 郑乃龙
杨光富
高级顾问：林祖乙 郑宗杰 曾华彬 杨俊峰 赖强谋
二、学术活动与咨询服务
2004年4月16—19日，在海上丝绸之路办公室专家及泉州市航海学会有关人员的陪同下，扬帆中华航海队和有关媒体记者共同踏访了泉州有关“郑和下西洋”及“海上丝绸之路”的重要史迹，深感泉州古港丰厚的历史底蕴。
2005年7月11日，为纪念“郑和下西洋600周年”和庆祝首届中国“航海日”，泉州市举行了隆重而盛大的“郑和下西洋”铜像落成典礼。泉州市航海学会参与并见证了整个活动盛况。
2006年起，为配合泉州市建设亿吨大港的需要，承担了泉州船厂、福炼一体化30万吨原油码头等十几个水上工程项目的通航评估论证工作，为码头建设单位和安全监督部门提供可行的科学依据。为泉州港再振古港雄风出谋献策。
三、科普活动
泉州市航海学会积极普及航海科学知识、推广先进的航海技术和科学管理经验，开展青少年航海科技活动，通过学会的宣传，在泉州广大青少年中掀起了“航模竞赛热潮”。2008年7月，福建省青少年航海模型比赛（第九届“我爱祖国海疆”全国青少年航海模型竞赛的选拔赛）在泉州举行，来自泉州、厦门、漳州等地的20多支代表队参加了中小学组“嘉年华”自航、“小虎鲨”竞速、“扬帆号”拼装、“极速号”推球等4个项目8个级别的比赛。
2006年，泉州市航海学会承办由中国航海学会组织的青少年航海夏令营泉州站活动。
四、教育培训
泉州市航海学会发挥自身优势，积极参与协助泉州海事部门组织了《泉州市航海人才发展战略调研》，与集美大学航海职业教育学院组成了课题组，研讨泉州地区船员发展战略；针对泉州地区丙类船员来源不足和航海职业教育培训薄弱等问题，引入集美大学航海职业教育学院在泉州成立教育部，并与民营资本结合，先后筹建、成立了两所民营航海职业教育机构—泉州海事学校、泉港航运技能培训学校，促进了民办航海职业教育与本地区经济建设、社会发展的紧密结合，获交通部海事局批准在全国率先开办“两年制非学历航海职业教育”。
五、海峡两岸交流
泉州市航海学会充分发挥有利条件，积极为祖国和平统一服务，凭借与台湾“地缘相近，血缘相亲，法缘相循，商缘相连，文缘相承”的独特优势，加强与台湾航运业的联系，努力使两岸同胞在互访中增进了解，在深化交流中增强共识，努力为祖国统一大业的早日实现贡献绵薄之力。